法人の税務調査とは？仕組み・流れ・準備すべき資料をわかりやすく解説
法人の税務調査とは、会社が申告した法人税や消費税などが正しく計算され、適正に申告されているかを税務署が確認する手続きです。
大企業だけでなく、中小企業や小規模法人でも対象となるため、日頃の帳簿管理が重要です。
本記事では、税務調査の流れ、事前通知、調査当日の対応、準備しておく資料まで、実務目線で具体的に解説します。
税務調査が行われる背景と目的
税務調査は、税金の申告内容に誤りがないかを確認するために行われます。
税務署は売上や利益の急変、不自然な経費計上、同業他社との比較など、多角的に判断して調査対象を選びます。
主なチェックポイントの例：
- 売上の計上漏れが疑われるケース
- 経費が多すぎる、内容が不自然なケース
- 長期間調査が入っていない法人
- 第三者からの情報提供があったケース
税務調査の事前通知とは？
実地調査の場合、税務署から事前通知が行われることがほとんどです。
通常は税務署の担当者から会社または税理士に電話が入り、日程や対象税目、確認年度などが伝えられます。
通知があることで、必要書類の準備ができ、当日の調査対応がスムーズになります。
通知内容の例：
- 調査予定日（多くは2〜3日間）
- 対象税目（法人税・消費税・源泉所得税など）
- 確認する年度（通常は3期分）
- 準備する書類の一覧
調査前に準備しておくべき資料
一般的に、以下の資料を用意しておくと調査がスムーズに進みます。
- 総勘定元帳・仕訳帳
- 現金出納帳・預金出納帳
- 売上帳・仕入帳
- 領収書・請求書類
- 通帳コピー
- 契約書類（見積書・納品書・発注書など）
- 給与台帳・源泉徴収簿
- 固定資産台帳
特に、売上・仕入・経費の裏付けとなる証憑（領収書・通帳・契約書など）は重点的に確認されます。
税理士がいる場合は、事前打ち合わせや予備調査を行い、指摘されやすい箇所を洗い出しておくと安心です。
税務調査当日の流れ
- 税務署担当者が会社に訪問し、趣旨説明
- 会社概要や取引実態のヒアリング
- 帳簿・証憑の詳細チェック
- 不明点の質問・追加資料の依頼
- 調査結果の説明（後日行われることもある）
税務調査は「事実確認」の場であり、対立する必要はありません。
税理士が立ち会う場合は、専門的な説明や資料の根拠提示もスムーズに進みます。
調査後の指摘事項と対応
調査の結果、申告内容に誤りが見つかった場合は、追加税額を納める必要があります。
主な指摘例はこちらです。
- 売上の計上漏れ
- 経費として認められない支出の計上
- プライベート支出の経費化
- 役員報酬と給与の区分誤り
- 源泉所得税の計算・納付漏れ
多くの場合、根拠資料の不足や計上時期のズレなど、日常の処理を丁寧に見直すことで改善できます。
まとめ：日頃の管理が税務調査で一番の防衛策
税務調査は、法人の申告が正しいかを確認するための制度です。
日頃から帳簿・領収書・通帳を整理し、税理士との連携を保つことが最大の対策になります。
正しい申告をしていれば、過度に心配せず落ち着いて対応できます。
